La normativa nazionale non tutela specie rare o di peculiare interesse botanico, ma rimanda ad eventuali disposizioni regionali; anche le normative comunitarie sono carenti in tema di protezione per le entità vegetali. La Regione Abruzzo ha prodotto un elenco di essenze da tutelare ed ha legiferato delle norme comportamentali a cui attenersi per proteggere la flora: L.R. n.45/79, modificata ed integrata dalla L.R. n.66/80.
Nel territorio è vietata la raccolta, il danneggiamento e l'estirpazione di 32 specie erbacee, 5 arboree e 3 fungine; sono inoltre protetti "... muschi, licheni, erbe, fiori e arbusti di diffusione naturale e spontanea nei territori classificati montani, ... nei comprensori di bonifica montana ... delle piante litofite che crescono sulle rocce e su detriti e della vegetazione sabbiosa pioniera e delle formazioni dunali ...".
Sono incaricati di controllare l'osservanza della stessa chi ha la qualifica di agente giurato in collaborazione e con il coordinamento degli Ispettorati delle Foreste.
L'Orto botanico della Riserva di Penne ha raccolto e impiantato alcune specie protette, rispetto alla L.R. n.45/79, ed altre ritenute rare nel territorio abruzzese, opportunamente documentate.
Tra le essenze autoctone protette, raccolte nell'orto di Penne, ricordiamo: la liquirizia (Glygyrriza glabra), il pungitopo (Ruscus aculeatus) il tasso (Taxus baccata) il pino mugo (Pinus mugo), il mirtillo (Vaccinium myrtillus) il timo maggiore (Thymus vulgare).
Il tasso è una rara conifera sempreverde dei nostri boschi montani. È una specie molto antica e a lentissimo accrescimento, la cui origine risale al terziario. Gli individui femminili (piante dioica) sono usati a scopi ornamentali, ma il seme e le foglie sono fortemente velenosi.
Nella Riserva è presente un albero secolare di Taxus baccata di 87 cm di diametro.
Il Lilium bulbiferum è una liliacea piuttosto rara, appartenente alla nostra flora spontanea, che si può vedere fiorita, nel mese di luglio, lungo il sentiero natura della Riserva.